Su filosofía era mas bien naturalista y demostró que el ser humano es el resultado de un largo desarrollo biológico. El hiZÓ un viaje en el beagle y en donde hiso sus investigaciones más importantes fue en las islas Galápagos en el Pacífico.
En su teoría de la evolución el dice que nosotros provenimos de los chimpances y changos como todos sabemos, esto difiere y ocasiono controversia ya que la gente no sabía si creer en lo que decía la Biblia o lo que decía Darwin.
En su teoría de la selección natural dice que el origen de las especies mediante la selección natural y la supervivencia de las razas favorecidas en la lucha por la vida. En primer lugar dijo que todas las plantas y animales actuales descendían de formas anteriores más primitivas, o sea mantuvo la evolución biológica, y ya de esta evolución fue que esta se debía a la selección natural. Uno de los motivos por los que el dijo que fuimos poco a poco evolucionando es porque cada vez se encontraban más fósiles. Dijo que la naturaleza muestra un enorme abanico de variaciones, Incluso dentro de la misma especie, ningún individuo es idéntico a otro, esto se debe a la adaptación de los animales a su medio, por ejemplo puede haber 2 pájaros de la misma especie pero con un pico diferente y esto es debido a las formas de animales de los que ellos se alimentan.

En la selección natural es una lucha por la vida y en esa lucha el que mejor se adapte al entorno es el que sobrevivirá y llevará la raza adelante. Cuanto más dura la lucha por la existencia, más rápida será la evolución de nuevas especies. En esos casos solo sobrevivirán los que estén mejor adaptados, todos los demás morirán. Y de esta forma la especie siempre irá mejorando.
El problema que aquí yo veo es que Darwin alejó a Dios del acto de la creación, entonces yo la verdad su me pregunto,,, será cierto lo que dice Darwin o la verdad es lo que dice en la Biblia, yo porque soy una persona que cree mucho en Dios pero pues la verdad si te hace dudar lo que Darwin dijo y con sus teorías.